Электронная цифровая подпись применяется в электронном документообороте для придания электронным сообщениям и файлам, отправляемым через почтовые клиенты и другие специализированные программы (АРМ - автоматизированные рабочие места), юридической значимости и служит инструментом, обеспечивающим информационную безопасность электронного документооборота.
ЭЦП применяется для внутреннего документооборота организации (переписка с применением ЭЦП между отдельными сотрудниками и подразделениями внутри организации) и для документооборота между отдельными юридическими лицами, если необходимо придать такому документообороту юридическую значимость и обеспечить при этом информационную безопасность.